Rok 1977. Osiemdziesięcioletni ksiądz Jan Zieja (Andrzej Seweryn), współzałożyciel Komitetu Obrony Robotników, jest przesłuchiwany przez Grosickiego, oficera Służby Bezpieczeństwa (Zbigniew Zamachowski). Grosicki nakłania go do współpracy. Ksiądz odmawia. Grosicki nie daje za wygraną. Jest nadzwyczajnie przygotowany. Wie o życiu księdza wszystko, czym chce zdobyć jego zaufanie. Jeśli mu się nie uda, może stracić wszystko.
Przesłuchania uruchamiają wspomnienia z życia Zieji. Pełne dramatycznych wydarzeń związanych z polską historią XX wieku, są tłem do pokazania jego bezkompromisowej postawy moralnej.
Lata 70. Major SB chce "kupić" naiwnego księdza Zieję i zrobić z niego agenta, który skompromituje opozycję. Przesłuchania księdza stają się naturalnym pretekstem do wędrówki przez historię Polski wieku dwudziestego - od wojny bolszewickiej 1920 roku, przez II wojnę światową, aż do czasów współczesnych. Okazuje się, iż naiwny ksiądz Zieja to mądry buntownik. Nie godził się na świat, w którym żył. Wyprzedzał swoją epokę. Samotna wędrówka bez paszportu do Rzymu w latach 30., była myśleniem o Unii Europejskiej. Udzielenie katolickiego pogrzebu samobójczyni (w latach 20. Ubiegłego wieku), to sprzeciw wobec kościelnych reguł. Głoszenie hasła "nigdy nie zabijaj nikogo, nawet swoich wrogów" w czasie II wojny światowej było sprzeciwem wobec mitów patriotycznych i zapowiadało lubiane później postawy pacyfistyczne. Zieja stawiał na szali swoje życie i wolność, w imię wyznawanych wartości moralnych, etycznych i religijnych. Film "Zieja" wyrasta z nurtu polskiego katolicyzmu, który jest oparty na wysokich standardach etycznych, ubóstwie i tolerancji oraz szacunku i miłości do drugiego człowieka.
